VTST 补丁编译步骤（VASP 6.4.3–6.6.1 + vtstcode）¶

本文件是第1章第9节的操作清单，依据 VTST 官方安装说明（https://theory.cm.utexas.edu/vtsttools/installation.html ）整理，只描述“做什么”，不包含 VASP 源码。

0. 准备¶

cd ~/software
git clone https://github.com/henkelmangroup/vtstcode.git     # Apache-2.0
ls vtstcode                                                   # vtstcode6.4.3 vtstcode6.5.1 vtstcode6.6.0 vtstcode6.6.1 ...
cd ~/software/vasp.6.6.1
cp -r src src.orig                                            # 备份，出问题时可以 diff 或还原

选择与 VASP 版本一致的 vtstcode 目录。若没有完全一致的目录，优先使用版本号最接近且不高于你的 VASP 的目录，并预期可能需要手动排错。

1. 复制 VTST 文件¶

cp -r ../vtstcode/vtstcode6.6.1/* src/
ls src/{neb,dimer,lanczos,dynmat,opt,fire,lbfgs,ml_pyamff}.F
ls -d src/pyamff_fortran

chain.F 会被 VTST 版本覆盖；其余为新增文件。

2. 修改 `src/.objects`¶

grep -n "chain.o" src/.objects

在 SOURCE 列表中 chain.o 那一行之前插入（每行末尾的反斜杠保持与文件中其他行一致）：

    bfgs.o dynmat.o instanton.o lbfgs.o sd.o cg.o dimer.o bbm.o \
    fire.o lanczos.o neb.o qm.o \
    pyamff_fortran/*.o ml_pyamff.o \
    opt.o \

规则：dynmat.o neb.o dimer.o lanczos.o instanton.o 在 chain.o 之前；sd.o cg.o qm.o lbfgs.o bfgs.o fire.o ml_pyamff.o pyamff_fortran/*.o 在 opt.o 之前。

3. 修改 `src/main.F`（两处）¶

grep -n -A1 "CALL CHAIN_FORCE" src/main.F
grep -n "chain_init" src/main.F

CALL CHAIN_FORCE(...)：在参数 TIFOR, 与 LATT_CUR%A, 之间插入 TSIF,（续行符 & 的位置保持合法）。
IF (LCHAIN) CALL chain_init( T_INFO, IO) → CALL chain_init( T_INFO, IO)。

4. 修改 `src/makefile`¶

grep -n "^LIB\|^dependencies" src/makefile

在 LIB 变量末尾追加 pyamff_fortran，例如 LIB= lib parser → LIB= lib parser pyamff_fortran；
并行编译时把依赖规则改为 dependencies: sources libs。

5. 自动检查（只读）¶

bash /path/to/DFT/VASP/examples/01-setup-compile/check_vtst_patch.sh ~/software/vasp.6.6.1

全部 [PASS] 后再编译；任何 [FAIL] 都会导致编译或运行出错。

6. 编译与验证¶

make veryclean
make DEPS=1 -j 16 all 2>&1 | tee make_vtst.log
grep -i -c "error" make_vtst.log
nm bin/vasp_std | grep -i -c dimer     # > 0
nm bin/vasp_std | grep -i -c fire      # > 0

建议把带 VTST 的程序装到单独目录（如 ~/software/vasp.6.6.1-vtst/bin）或改名（vasp_std_vtst），避免与原版混淆。功能验证见第11章过渡态搜索：INCAR 中 IMAGES 或 ICHAIN 设置后才会进入 VTST 代码；VTST 优化器需要 IBRION = 3、POTIM = 0 与 IOPT。

7. 安装 VTST 脚本¶

git clone https://github.com/henkelmangroup/vtstscripts.git ~/software/vtstscripts
echo 'export PATH=$HOME/software/vtstscripts:$PATH' >> ~/.bashrc
which nebmake.pl nebresults.pl chgsum.pl      # 需要系统有 perl

常见错误¶

现象	原因	处理
编译 main.F 时 CHAIN_FORCE 参数不匹配	第 3 步第 1 处未改	加入 `TSIF,`
运行 NEB 时 VTST 代码没被初始化	第 3 步第 2 处未改	去掉 `IF (LCHAIN)`
找不到 PyAMFF 模块/对象	`.objects` 顺序错或 `LIB` 未加 `pyamff_fortran`	按第 2、4 步修改
`make -j` 时偶发找不到库	依赖规则缺 `libs`	`dependencies: sources libs`
与 VASP 版本不匹配的各种编译错误	vtstcode 目录版本不对	换用对应版本目录，从 `src.orig` 重新开始