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通用基础:Linux、HPC、建模与后处理(Common DFT Skills)

四款软件都会用到的通用技能:Linux/WSL 与集群环境、Slurm/PBS/LSF 作业调度、结构数据库与建模、ASE/pymatgen、后处理与可视化、工作流自动化,以及 DFT 学习路线与机器学习势资源。

适用版本:与具体软件版本无关;示例基于 Python ≥ 3.9、ASE 3.2x、pymatgen 2025+。

Tip

建议先完成本板块的环境搭建,再进入 VASP、Gaussian、CP2K 或 OpenMX 板块。

教程目录

章节 配套示例
第1章 计算环境搭建:Linux/WSL、conda、集群登录与文件传输(Setting up a DFT Computing Environment: Linux/WSL, conda, SSH & File Transfer) 01-env-setup

全部示例

示例目录 说明
01-env-setup 示例 01:DFT 计算环境配置模板
02-array-chain-si 示例 02-array-chain-si
02-job-templates 示例 02-job-templates
03-defect-doping-mgo 示例 03-defect-doping-mgo
03-fetch-convert-si 示例 03-fetch-convert-si
03-heterostructure-2d 示例 03-heterostructure-2d
03-molecules 示例 03-molecules
03-slab-adsorption 示例 03-slab-adsorption
04-ase-calculators 04-ase-calculators:用 ASE 统一驱动 VASP、Gaussian、CP2K、OpenMX
04-ase-emt-basics 04-ase-emt-basics:不装 DFT 软件也能跑的 ASE 基础练习
04-output-parsing 04-output-parsing:跨程序输出解析、作业状态扫描、数据归档与 MLIP 数据准备
04-pymatgen-io 04-pymatgen-io:pymatgen 输入集、VASP 输出解析、相图与 Gaussian/CP2K 输入
06-aiida-cp2k-vasp 示例 06-aiida-cp2k-vasp
06-custodian-vasp-si 示例 06-custodian-vasp-si
06-jobflow-atomate2 示例 06-jobflow-atomate2
06-quacc-dpdispatcher 示例 06-quacc-dpdispatcher

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