通用基础:Linux、HPC、建模与后处理(Common DFT Skills)¶
四款软件都会用到的通用技能:Linux/WSL 与集群环境、Slurm/PBS/LSF 作业调度、结构数据库与建模、ASE/pymatgen、后处理与可视化、工作流自动化,以及 DFT 学习路线与机器学习势资源。
适用版本:与具体软件版本无关;示例基于 Python ≥ 3.9、ASE 3.2x、pymatgen 2025+。
教程目录¶
| 章节 | 配套示例 |
|---|---|
| 第1章 计算环境搭建:Linux/WSL、conda、集群登录与文件传输(Setting up a DFT Computing Environment: Linux/WSL, conda, SSH & File Transfer) | 01-env-setup |
全部示例¶
| 示例目录 | 说明 |
|---|---|
| 01-env-setup | 示例 01:DFT 计算环境配置模板 |
| 02-array-chain-si | 示例 02-array-chain-si |
| 02-job-templates | 示例 02-job-templates |
| 03-defect-doping-mgo | 示例 03-defect-doping-mgo |
| 03-fetch-convert-si | 示例 03-fetch-convert-si |
| 03-heterostructure-2d | 示例 03-heterostructure-2d |
| 03-molecules | 示例 03-molecules |
| 03-slab-adsorption | 示例 03-slab-adsorption |
| 04-ase-calculators | 04-ase-calculators:用 ASE 统一驱动 VASP、Gaussian、CP2K、OpenMX |
| 04-ase-emt-basics | 04-ase-emt-basics:不装 DFT 软件也能跑的 ASE 基础练习 |
| 04-output-parsing | 04-output-parsing:跨程序输出解析、作业状态扫描、数据归档与 MLIP 数据准备 |
| 04-pymatgen-io | 04-pymatgen-io:pymatgen 输入集、VASP 输出解析、相图与 Gaussian/CP2K 输入 |
| 06-aiida-cp2k-vasp | 示例 06-aiida-cp2k-vasp |
| 06-custodian-vasp-si | 示例 06-custodian-vasp-si |
| 06-jobflow-atomate2 | 示例 06-jobflow-atomate2 |
| 06-quacc-dpdispatcher | 示例 06-quacc-dpdispatcher |