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第10章 激发态 TD-DFT:UV-Vis、荧光发射与 ECD(Excited States with Gaussian TD-DFT: UV-Vis, Fluorescence & ECD)

本章用 Gaussian 16 的 TD-DFT(TD / TDA 关键词)完成几类最常见的激发态任务:UV-Vis 吸收光谱、S1 激发态优化与荧光发射、T1 与磷光能量、ECD(电子圆二色谱)定绝对构型,以及 NTO、DCT、空穴-电子分析等激发态性质分析。每一步都给出完整输入、关键词逐项解释和输出检查方法,同时讲清泛函选择(CAM-B3LYP、ωB97X-D、M06-2X、PBE0)、溶剂模型(线性响应、cLR、ExternalIteration)和谱带展宽中的常见陷阱。

1. 本章目标与适用场景

学完本章你应该能够:

  • 为有机分子、染料或配合物选择合适的泛函和基组做 TD-DFT 计算,并知道什么时候 B3LYP 会失效(电荷转移态、Rydberg 态);
  • 写出 TD=(NStates=..., Root=..., Singlets/Triplets/50-50) 和 TDA 输入,读懂 Excited State 输出中的激发能、波长、振子强度和组态系数;
  • 用高斯展宽把离散的激发态画成 UV-Vis 和 ECD 谱,做 Boltzmann 加权和对映体翻转;
  • 优化 S1、T1 结构,计算垂直发射能、绝热激发能、0-0 能量和 Stokes 位移;
  • 用 NTO、Pop=DCT 和 Multiwfn 空穴-电子分析判断激发是局域激发(LE)还是电荷转移(CT);
  • 在溶液中区分平衡/非平衡溶剂化,并会使用态特定方法 cLR 与 ExternalIteration。

前置知识:几何优化与频率(第5章、第6章)、隐式溶剂(第9章)。开壳层体系的激发态先读 第13章 的稳定性检查。DFT 理论背景可参考 Common 第7章。

任务 本章小节 配套示例
UV-Vis 吸收光谱 第 4、5 节 10-uvvis-emission-coumarin
S1 优化、荧光、态特定溶剂化 第 6 节 同上
T1 优化、磷光 第 7 节 同上
ECD 与绝对构型 第 8 节 10-ecd-methyloxirane
NTO、DCT、空穴-电子分析 第 9 节 10-nto-dct-dmabn

2. 原理速览

2.1 线性响应 TD-DFT 与 TDA

TD-DFT 在基态 Kohn-Sham 解的基础上求解线性响应方程(Casida 方程),得到激发能 \(\omega\) 和激发向量 \((\mathbf X,\mathbf Y)\):

\[ \begin{pmatrix}\mathbf A & \mathbf B\\ \mathbf B^{*} & \mathbf A^{*}\end{pmatrix} \begin{pmatrix}\mathbf X\\ \mathbf Y\end{pmatrix} =\omega \begin{pmatrix}\mathbf 1 & \mathbf 0\\ \mathbf 0 & -\mathbf 1\end{pmatrix} \begin{pmatrix}\mathbf X\\ \mathbf Y\end{pmatrix} \]

\(\mathbf X\) 对应占据轨道 i 到空轨道 a 的激发(输出里写作 i -> a),\(\mathbf Y\) 对应退激发(输出里写作 i <- a)。Tamm-Dancoff 近似(TDA)令 \(\mathbf B=0\),方程退化为 \(\mathbf A\mathbf X=\omega\mathbf X\)。TDA 更便宜,对三重态不稳定性和接近锥形交叉的区域更稳健,但振子强度不再满足求和规则,绝对值会有偏差。Gaussian 用 Davidson 迭代只求最低的 NStates 个根,所以算多少个态必须由你指定。

2.2 垂直、绝热与 0-0 能量

以单重态吸收与荧光为例(\(R_{S0}\)、\(R_{S1}\) 分别为 S0、S1 的平衡结构):

量 定义 Gaussian 中怎么得到
垂直吸收能 \(E_{S1}(R_{S0})-E_{S0}(R_{S0})\) S0 结构上的 TD 单点,Excited State 1
垂直发射能 \(E_{S1}(R_{S1})-E_{S0}(R_{S1})\) S1 优化最后一步的 Excited State 1
绝热激发能 \(E_{S1}(R_{S1})-E_{S0}(R_{S0})\) 两个优化作业的总能量差
0-0 能量 \(E_{\rm adia}+\Delta{\rm ZPE}\) 再加 S1 与 S0 的零点能差
Stokes 位移 \(E_{\rm abs}^{\rm vert}-E_{\rm em}^{\rm vert}\) 常换算成 cm⁻¹ 与实验比较

按 Kasha 规则,荧光通常来自最低激发单重态 S1,磷光来自 T1(存在例外,如薁)。单位换算:\(\lambda({\rm nm}) = 1239.84/E({\rm eV})\),\(1\ {\rm eV} = 8065.54\ {\rm cm^{-1}}\)。

2.3 振子强度与旋转强度

振子强度(原子单位):

\[f_{0n}=\frac{2}{3}\,\Delta E_{0n}\,\left|\langle 0|\hat{\boldsymbol\mu}|n\rangle\right|^2\]

它决定 UV-Vis 峰的强弱。ECD 的强度由旋转强度决定:

\[R_{0n}=\mathrm{Im}\left[\langle 0|\hat{\boldsymbol\mu}|n\rangle\cdot\langle n|\hat{\mathbf m}|0\rangle\right]\]

其中 \(\hat{\mathbf m}\) 为磁偶极算符。有限基组下,长度规范(length gauge)的 \(R\) 依赖坐标原点,速度规范(velocity gauge)的 \(R\) 与原点无关,因此做 ECD 时一般使用 R(velocity)。

2.4 泛函与基组选择

泛函 Gaussian 关键词 精确交换比例(约) 适用 注意
B3LYP B3LYP 20% 局域 ππ* 激发的快速估计 CT、Rydberg 激发能严重低估,可能出现虚假低能 CT 态
PBE0 PBE1PBE 25% 有机染料价层激发,λmax 常有误差抵消 CT 态仍然偏低
M06-2X M062X 54% 价层激发、部分 CT 改善 对积分格点敏感(G16 默认 UltraFine 一般够用)
CAM-B3LYP CAM-B3LYP 短程 19% → 长程 65% CT、Rydberg、ECD,激发态优化 局域价层激发通常略高估
ωB97X-D wB97XD 短程约 22% → 长程 100% CT 体系、长链共轭分子 同上;已内含色散,不要再加 GD3BJ
LC-ωhPBE LC-wHPBE 短程 0 → 长程 100% 适合做 ω 最优调节(optimal tuning) 默认 ω 对特定分子未必最优

为什么 CT 态需要范围分离泛函:CT 激发能在大分离距离下应近似为 \(IP_D-EA_A-1/R\),常规杂化泛函的交换核衰减太快,无法给出 \(-1/R\) 行为,CT 能量因此被系统性低估,而且低估幅度随 D-A 距离增大。长程含 100% HF 交换的泛函(ωB97X-D、LC-ωhPBE)能恢复正确的渐近行为。

基组:价层激发用 def2-TZVP 或 6-311+G(d,p) 通常足够,def2-SVP 适合激发态优化等耗时任务。Rydberg 态、阴离子和 ECD(低能区常有 Rydberg 成分)需要弥散函数,例如 aug-cc-pVDZ、6-311++G(d,p)。根据大规模基准测试(如 Laurent & Jacquemin 2013 的综述),合适泛函下价层垂直激发能的典型误差在 0.2–0.3 eV 量级,不要期望 TD-DFT 给出 0.05 eV 级别的精度。

Important

计算得到的垂直激发能并不等于实验吸收峰位置 λmax:实验谱带包含振动结构、溶剂与温度效应。比较时建议同时看能量差(eV)和谱形,不要只比较 nm 数值。

3. TD 关键词速查

TD 是方法类关键词,和泛函/基组写在一起:#p CAM-B3LYP/def2TZVP TD=(NStates=20)。下表选项均来自官方 TD 关键词页:

选项 默认值 说明
NStates=M 3 求解的激发态数目;与 50-50 联用时是每种自旋各 M 个
Root=N 1 “感兴趣的态”:激发态优化、频率、Density=Current 等都针对它
Singlets 闭壳层默认 只求单重态(仅对闭壳层单重态参考有效)
Triplets — 只求三重态(仅对闭壳层参考有效)
50-50 — 单重态、三重态各一半
Read — 从 chk 读取激发向量作为初猜(基组必须相同)
Add=N — 读取已收敛的态,再多算 N 个(隐含 Read)
Restart — 从 chk 续算中断的 TD 作业,重复原 route 加上该选项即可
EqSolv / NonEqSolv 单点为非平衡;激发态优化和请求激发态密度时为平衡 PCM 平衡/非平衡溶剂化
Conver=N 单点 4,梯度 6 能量收敛到 \(10^{-N}\)
GOccSt、GOccEnd、GDEMin、DEMin — 限定能量窗口,用于只关心高能区(如芯层激发)的情况

其他相关要点:

  • TDA 关键词与 TD 用法相同:TDA=(NStates=10);
  • 开壳层参考(如双重态自由基)时 Singlets/Triplets/50-50 会被忽略,输出中每个态带 <S**2>,需检查自旋污染;
  • #p 会打印更多信息;IOp(9/40=N) 把组态系数的打印阈值从默认 0.1 降到 \(10^{-N}\)(官方 IOp 说明:阈值 = \(10^{-N}\)),Multiwfn 激发态分析要求 IOp(9/40=4),大体系可用 3;
  • Gaussian 16 的 TD-DFT 频率默认为解析二阶导数(G09 只能数值差分),B.01 起支持 TD Freq=Raman(激发态静态 Raman,耗时约为普通频率的 7 倍);
  • 官方说明:G96、P86、PKZB、wPBEh、PBEh 交换泛函,PKZB 相关泛函,以及 OHSE1PBE、OHSE2PBE 杂化泛函不能做 TD 梯度和频率。

4. 实战一:香豆素的 UV-Vis 吸收光谱

示例目录:10-uvvis-emission-coumarin。香豆素(coumarin,C9H6O2,17 个原子)是荧光染料的母核,体积小,适合练手。

4.1 完整输入:S0 优化 + 垂直激发

两步用 --Link1-- 串联:第 1 步在 SMD(乙醇) 中优化基态并做频率,第 2 步在相同溶剂下做 TD 单点。

! Chapter 10 example: coumarin UV-Vis absorption in ethanol (SMD)
! Step 1: S0 opt+freq   Step 2: vertical TD-DFT absorption, 20 singlets
%chk=coumarin_s0.chk
%mem=8GB
%nprocshared=8
#p CAM-B3LYP/def2SVP Opt Freq SCRF=(SMD,Solvent=Ethanol)

Coumarin S0 opt+freq, CAM-B3LYP/def2-SVP, SMD(ethanol)

0 1
 O       3.432361     1.735762    -0.161262
 C       2.414341     1.055850    -0.099047
 C       2.498112    -0.410001     0.028425
 C       1.413650    -1.187845     0.099364
 C       0.094269    -0.579979     0.050257
 C      -1.075754    -1.338826     0.119792
 C      -2.322908    -0.707303     0.068413
 C      -2.405880     0.682098    -0.052401
 C      -1.242447     1.446105    -0.122366
 C      -0.007031     0.804837    -0.070103
 O       1.144112     1.613186    -0.143894
 H       3.499281    -0.821949     0.061392
 H       1.498663    -2.264641     0.192933
 H      -1.032587    -2.421035     0.213956
 H      -3.232915    -1.300530     0.122758
 H      -3.377925     1.167635    -0.091865
 H      -1.297342     2.526637    -0.216351

--Link1--
%oldchk=coumarin_s0.chk
%chk=coumarin_td.chk
%mem=8GB
%nprocshared=8
#p CAM-B3LYP/def2TZVP TD=(NStates=20,Singlets) SCRF=(SMD,Solvent=Ethanol)
   Geom=Check Guess=Read IOp(9/40=3)

Coumarin vertical absorption, 20 singlets, CAM-B3LYP/def2-TZVP, SMD(ethanol)

0 1
关键词 取值 说明
CAM-B3LYP/def2SVP Opt Freq 第 1 步 基态用与后续 S1 优化相同的泛函/基组,这样绝热激发能和 0-0 能量才有意义
SCRF=(SMD,Solvent=Ethanol) 两步一致 溶剂模型、溶剂名在整个流程中保持一致
TD=(NStates=20,Singlets) 20 个单重态 覆盖约 190–350 nm;Singlets 对闭壳层是默认值,写出来更清楚
def2TZVP TD 单点 激发能对基组较敏感,单点用更大基组
Geom=Check Guess=Read 读取优化结构与轨道 配合 %oldchk,不覆盖第 1 步的 chk
IOp(9/40=3) 系数阈值 0.001 输出更多组态系数,便于判断激发性质

Note

TD 单点在 PCM/SMD 下默认使用非平衡溶剂化(只有溶剂电子极化跟上垂直激发),这正是吸收过程的物理图像,无需额外关键词。

运行与检查:

g16 < coumarin_td_camb3lyp_smd.gjf > coumarin_td_camb3lyp_smd.log
grep -c "Normal termination" coumarin_td_camb3lyp_smd.log      # Link1 两步应为 3(Opt、Freq、TD)
grep "NImag" coumarin_td_camb3lyp_smd.log                      # 归档段中应为 NImag=0
grep "Excited State" coumarin_td_camb3lyp_smd.log | head -20

Tip

Opt Freq 写在同一行时,Gaussian 在内部自动追加一个 Freq 步,所以两步输入会出现 3 个 Normal termination。也可以用仓库的 python ../scripts/g16_log_summary.py -h 查看如何批量汇总终止状态、能量与虚频。

4.2 读懂 Excited State 输出

(示意输出,数值仅供参考)

 Excitation energies and oscillator strengths:

 Excited State   1:      Singlet-A'     4.3521 eV  284.88 nm  f=0.1873  <S**2>=0.000
      42 -> 44        -0.10512
      43 -> 44         0.68234
      43 <- 44        -0.05231
 This state for optimization and/or second-order correction.
 Total Energy, E(TD-HF/TD-DFT) =  -496.xxxxxxxxx
 Copying the excited state density for this state as the 1-particle RhoCI density.

 Excited State   2:      Singlet-A"     4.6012 eV  269.46 nm  f=0.0004  <S**2>=0.000
      41 -> 44         0.69517
字段 含义
Excited State 1: 第 1 个激发态(按能量排序)
Singlet-A' 自旋多重度与不可约表示;对称性无法确定时显示 Singlet-?Sym
4.3521 eV 284.88 nm 垂直激发能及对应波长
f=0.1873 振子强度;f < 0.01 为弱/禁阻跃迁,> 0.1 为强吸收
<S**2> 激发态的自旋平方期望值,闭壳层参考时为 0
43 -> 44 0.68234 轨道 43(HOMO)到 44(LUMO)的激发系数 X
43 <- 44 退激发系数 Y,只在 TD(非 TDA)中出现
Total Energy, E(TD-HF/TD-DFT) Root 指定态的总能量(Hartree),用于计算绝热激发能

闭壳层单重态中,组态 \(i\to a\) 的贡献约为 \(2c^2\)(Gaussian 的归一化条件为 \(\langle X+Y|X-Y\rangle=1\))。上面 43 -> 44 0.68234 的贡献约为 \(2\times0.682^2\approx 93\%\),即 S1 基本是 HOMO→LUMO 激发。一个激发态若由多个系数相当的组态构成,用单一“HOMO→LUMO”描述就不合适,应改用第 9 节的 NTO。

快速整理成表(激发态序号、对称性、eV、nm、f):

grep "Excited State" coumarin_td_camb3lyp_smd.log | awk '{print $3, $4, $5, $7, $9}'

HOMO、LUMO 编号可以从 Alpha occ. eigenvalues 行数或 NAE=(α 电子数)读出:闭壳层下 HOMO = NAE。

4.3 NStates 够不够

  • 最后一个激发态的波长应短于你想绘制的光谱下限,再留出展宽宽度(约 0.3–0.5 eV)的余量。例如要画到 200 nm(6.2 eV),最高激发态至少应到 6.5–6.7 eV;
  • 不够就用 TD=(Read,Add=10) 在已有结果基础上追加 10 个态,不必从头算(基组、结构必须相同);
  • 只关心最低几个态时 NStates=6~10 足矣;激发态优化建议 NStates ≥ Root+2,以稳定 Davidson 迭代并监控态交叉。

5. 谱带展宽与绘图

5.1 UV-Vis 展宽公式

Gaussian 官方技术说明 Creating UV/Visible Plots 给出的高斯线型(\(\tilde\nu\) 为波数,σ 为 1/e 处的半宽,单位 cm⁻¹):

\[ \varepsilon(\tilde\nu)=\sum_i 1.3062974\times10^{8}\,\frac{f_i}{\sigma}\exp\!\left[-\left(\frac{\tilde\nu-\tilde\nu_i}{\sigma}\right)^2\right] \qquad (\varepsilon\ \text{单位 L·mol}^{-1}\text{·cm}^{-1}) \]

要点:

  • 展宽要在能量/波数空间做,然后再换算到 nm 作图。直接在 nm 空间用等宽高斯会使长波区峰形失真;
  • σ 与半高全宽的关系:\({\rm FWHM}=2\sqrt{\ln 2}\,\sigma\approx1.665\sigma\)。上述技术说明中 GaussView 的默认 σ 为 0.4 eV;文献中常用 FWHM 0.3–0.5 eV,必须在论文中写明;
  • 也可用洛伦兹线型,但电子光谱习惯用高斯线型(溶液中非均匀展宽占主导);
  • 与实验比较时允许整体平移(例如 −0.2 eV),但平移量要在全体系中统一并注明。

5.2 三种绘谱途径

  1. GaussView 6:打开 .log,菜单 Results → UV-VIS,可调半宽并导出数据;
  2. Multiwfn:载入 .log,进入主功能 11(谱图绘制),选择 UV-Vis,可设置线型、FWHM、平移,导出 spectrum_curve.txt(Multiwfn 2026 起按日期命名版本,见 Multiwfn 手册 3.13 节);
  3. 本仓库脚本:spectrum_uvvis_ecd.py 解析 TD 输出、在 eV 空间做高斯展宽、输出 CSV 并画 UV-Vis/ECD 图,支持能量平移、对映体翻转和多构象 Boltzmann 加和。运行 python ../scripts/spectrum_uvvis_ecd.py -h 查看用法。

出版级作图(字体、配色、坐标轴)参见 Common 第5章 与 第16章。也可以用 cclib 解析 etenergies、etoscs、etrotats 后自行绘图。

6. 实战二:S1 激发态优化与荧光发射

6.1 完整输入:S1 Opt + Freq

! Chapter 10 example: optimize S1 of coumarin (TD-DFT gradient) + analytic TD frequencies
! Needs coumarin_s0.chk from coumarin_td_camb3lyp_smd.gjf (same functional/basis/solvent as the S0 opt)
%oldchk=coumarin_s0.chk
%chk=coumarin_s1.chk
%mem=8GB
%nprocshared=8
#p CAM-B3LYP/def2SVP TD=(NStates=6,Root=1) Opt Freq SCRF=(SMD,Solvent=Ethanol)
   Geom=Check Guess=Read NoSymm

Coumarin S1 opt+freq, CAM-B3LYP/def2-SVP, SMD(ethanol), equilibrium LR solvation

0 1
关键词 说明
TD=(NStates=6,Root=1) 优化第 1 激发态;多算几个态便于监控态交叉
Opt Freq 激发态优化后做解析 TD 频率,确认无虚频,并给出激发态 ZPE
SCRF=(SMD,...) 激发态优化时 Gaussian 默认用平衡溶剂化(溶剂完全弛豫)
NoSymm 激发态常使分子降低对称性(例如 nπ* 态让平面分子出平面)。关闭对称性,避免被约束在对称鞍点上
Geom=Check Guess=Read 从 S0 结构出发

可选项:Opt=CalcFC 在第一步算激发态 Hessian(官方 SCRF 页的乙醛示例就这么做),对难收敛或对称性破缺的情况有帮助,代价约为一次 TD 频率;Opt=(MaxCycles=200) 用于大体系。

运行与检查:

g16 < s1_opt_freq_emission.gjf > s1_opt_freq_emission.log
grep "Optimization completed" s1_opt_freq_emission.log
grep "NImag" s1_opt_freq_emission.log
grep "Total Energy, E(TD-HF/TD-DFT)" s1_opt_freq_emission.log | tail -1
grep "Excited State   1:" s1_opt_freq_emission.log | tail -1     # 最后一步即垂直发射能
grep "Zero-point correction" s1_opt_freq_emission.log

6.2 从输出得到发射能、0-0 能量与辐射速率

  • 垂直发射能(线性响应、平衡溶剂化):优化收敛后最后一次出现的 Excited State 1: 的激发能;它的振子强度 f 决定荧光亮度;
  • 绝热激发能:\(E_{\rm adia}=E_{\rm TD}(S1,R_{S1})-E_{\rm SCF}(S0,R_{S0})\),前者取 Total Energy, E(TD-HF/TD-DFT) 的最后一个值,后者取 S0 优化最后的 SCF Done,两者必须是同一泛函、基组和溶剂;
  • 0-0 能量:\(E_{00}=E_{\rm adia}+[{\rm ZPE}(S1)-{\rm ZPE}(S0)]\)。TD 频率的热化学部分基于激发态总能量,可核对 Sum of electronic and zero-point Energies 与 Total Energy, E(TD-HF/TD-DFT) 之差是否等于激发态 ZPE;
  • 辐射速率估计(Einstein 自发辐射系数,\(\tilde\nu\) 单位 cm⁻¹,n 为折射率):\(k_r\approx \dfrac{n^2\,\tilde\nu^2 f}{1.499}\ {\rm s^{-1}}\)。它只给出数量级,不能代替含振动耦合的速率理论。

Warning

Root flipping(根翻转):Root=1 表示“按能量排序的第 1 个激发态”,不是“具有某种性质的那个态”。优化中如果 S1 与 S2 交叉,Gaussian 会继续跟随新的第 1 个态,你可能在不知情的情况下换到另一个电子态的势能面。检查方法:比较优化前后主要组态和振子强度是否突变,必要时用第 9 节的 NTO 对比;若确实想跟随某个态,可改变 Root 或从不同初始结构重新优化。

6.3 态特定溶剂化:cLR 与 ExternalIteration

线性响应(LR)PCM 用的是跃迁密度的响应,对极性 CT 态的溶剂稳定化描述不足。Gaussian 提供两种态特定(state-specific)修正:

方法 关键词 特点
LR-PCM SCRF=(Solvent=...) + TD 默认;支持激发态梯度和频率
修正线性响应 cLR SCRF=(...,CorrectedLR) 用激发态弛豫密度对激发能做一阶修正,只需一步
外迭代 EI SCRF=(...,ExternalIteration) 激发态密度与反应场自洽迭代(Link 124),最严格;只能用于能量计算

平衡/非平衡默认值(官方 SCRF 页):TD 单点默认非平衡;TD 激发态优化默认平衡;ExternalIteration 默认平衡;NonEquilibrium=Save 把慢极化电荷存进 chk,下一步用 NonEquilibrium=Read 读入,从而得到“溶剂慢极化停留在上一个电子态”的非平衡能量。

官方 SCRF 页以乙醛 n→π* 为例给出 6 步完整流程(S0 优化 → LR 垂直吸收 → cLR/EI 态特定吸收 → S1 优化 → cLR/EI 平衡 S1 → 非平衡 S0),示例中 LR 给出的吸收为 283.28 nm,cLR 为 284.35 nm,EI 为 277.70 nm,cLR 发射为 400.79 nm(以上数值引自官方页面)。本仓库把发射部分写成了两步输入 s1_emission_state_specific.gjf:

! Chapter 10 example: state-specific (corrected linear-response, cLR) vertical emission
! Follows the 2-step scheme of the official Gaussian SCRF page; uses IEFPCM, not SMD.
! Needs coumarin_s1.chk from s1_opt_freq_emission.gjf
! Emission energy = E(step 1, 'Total energy after correction') - E(step 2, SCF Done)
%oldchk=coumarin_s1.chk
%chk=coumarin_s1_clr.chk
%mem=8GB
%nprocshared=8
#p CAM-B3LYP/def2SVP TD=(NStates=6,Root=1) Geom=Check Guess=Read NoSymm
   SCRF=(IEFPCM,Solvent=Ethanol,CorrectedLR,NonEquilibrium=Save)

Coumarin S1 at S1 minimum, cLR equilibrium solvation, save slow solvent charges

0 1

--Link1--
%oldchk=coumarin_s1_clr.chk
%chk=coumarin_s0_at_s1.chk
%mem=8GB
%nprocshared=8
#p CAM-B3LYP/def2SVP Geom=Check Guess=Read NoSymm
   SCRF=(IEFPCM,Solvent=Ethanol,NonEquilibrium=Read)

Coumarin S0 at S1 geometry, non-equilibrium solvation read from the S1 step

0 1
  • 第 1 步输出中查找 PCM Corrected Linear-Response - Equilibrium solvation: 下的 Total energy after correction;
  • 第 2 步取 SCF Done;两者之差即态特定垂直发射能;
  • 换成 EI:把第 1 步的 CorrectedLR 改为 ExternalIteration,能量从 After PCM corrections, the energy is 行读取。
grep -A3 "PCM Corrected Linear-Response" s1_emission_state_specific.log
grep "SCF Done" s1_emission_state_specific.log | tail -1
grep "After PCM corrections, the energy is" *.log      # 仅 ExternalIteration 作业

Note

官方示例使用默认的 IEFPCM,本仓库也照此写;S1 结构来自 SMD 优化,这一不一致对垂直发射能的影响通常很小,但应在论文方法部分说明。态特定方法对局域 ππ* 态的修正一般较小,对强 CT 态则可能明显改变能量顺序。

6.4 进阶:振动分辨的吸收/发射谱带

若要得到含振动精细结构的谱形,Gaussian 16 的 Freq=(FC,ReadFC,ReadFCHT) 可以基于 S0 与 S1 两个频率作业的 chk 做 Franck-Condon(FC)、Herzberg-Teller(HT)或 FCHT 计算;附加输入里用 Transition=Emission 模拟发射,用 Spectroscopy=CD 模拟振动分辨 ECD/CPL。输入格式和选项较多,请直接参考官方 Freq 关键词页 的 ReadFCHT Input 部分,前提是两个态都是可靠的极小点(无虚频)。

7. 实战三:三重态 T1 与磷光

7.1 途径 A:UKS 基态优化(ΔSCF)

T1 是该自旋多重度下的最低态,可以直接用非限制性 DFT 当作“基态”优化,代价与普通基态优化相同:

! Chapter 10 example: lowest triplet T1 of coumarin by unrestricted ground-state DFT (Delta-SCF)
! Step 1: UKS triplet opt+freq   Step 2: closed-shell S0 single point at the T1 geometry
! Vertical phosphorescence energy ~ E(T1, step 1 final) - E(S0, step 2)
%oldchk=coumarin_s0.chk
%chk=coumarin_t1.chk
%mem=8GB
%nprocshared=8
#p UCAM-B3LYP/def2SVP Opt Freq SCRF=(SMD,Solvent=Ethanol) Geom=Check

Coumarin T1 (UKS, multiplicity 3) opt+freq, CAM-B3LYP/def2-SVP, SMD(ethanol)

0 3

--Link1--
%oldchk=coumarin_t1.chk
%chk=coumarin_s0_at_t1.chk
%mem=8GB
%nprocshared=8
#p CAM-B3LYP/def2SVP SCRF=(SMD,Solvent=Ethanol) Geom=Check

Coumarin S0 single point at the T1 geometry

0 1
  • Geom=Check 时电荷与多重度行仍然要写,可以改成 0 3;
  • 检查自旋污染:grep "S\*\*2" t1_uks_opt.log | tail -3,三重态理论值 \(S(S+1)=2.0\),明显偏离(如 > 2.1)时需警惕(见 第13章);
  • 绝热 S-T 能隙 \(\Delta E_{\rm ST}^{\rm adia}=E(S1,R_{S1})-E(T1,R_{T1})\),垂直磷光能 \(\approx E(T1,R_{T1})-E(S0,R_{T1})\)。

7.2 途径 B:TD 三重态

以闭壳层 S0 为参考,用 TD 求三重态并优化:

#p CAM-B3LYP/def2SVP TDA=(Triplets,NStates=4,Root=1) Opt SCRF=(SMD,Solvent=Ethanol) Geom=Check Guess=Read NoSymm
  • TD 求高阶三重态(T2、T3……)是 ΔSCF 做不到的,适合研究 ISC 通道(S1 → T_n 能量匹配);
  • 范围分离泛函配合 TD 处理三重态时容易出现“三重态不稳定性”导致 T1 能量偏低,三重态推荐用 TDA;
  • 需要 T1 的零点能时,可在优化结构上用 TD=(Triplets,NStates=4,Root=1) Freq 做解析 TD 频率,或直接采用途径 A(UKS 频率);
  • 想一次得到垂直 S/T 能级:TD=(50-50,NStates=5) 给出 5 个单重态和 5 个三重态。

7.3 旋轨耦合(SOC)与磷光强度

Gaussian 16 的 TD-DFT 不计算旋轨耦合矩阵元,因此三重态的振子强度恒为 0,无法直接得到磷光速率或 ISC 速率。常用做法:

  • PySOC:读取 Gaussian TD 结果计算 S-T 间 SOC 矩阵元,常用于 TADF 与 ISC 研究(需按其说明准备特定格式的输出);
  • 换用支持 SOC-TDDFT 的程序(如 ORCA、BDF 等)做单点。

8. 实战四:ECD 与绝对构型

8.1 推荐流程

  1. 构象搜索:柔性分子用 CREST(GFN2-xTB)搜索,保留 3–5 kcal/mol 窗口内的构象;
  2. DFT 优化与频率:如 B3LYP-D3(BJ)/def2-SVP 或 def2-TZVP(含溶剂),确认无虚频,得到每个构象的 G;
  3. TD 计算:CAM-B3LYP 或 ωB97X-D,带弥散函数的基组,NStates 覆盖实验谱区;
  4. 每个构象用 R(velocity) 展宽,按 Boltzmann 权重加和;
  5. 与实验谱比较(必要时统一平移),符号与形状一致则归属该构型,相反则为其对映体;
  6. 用 UV 谱交叉验证激发能平移量,或用旋光度(Polar=OptRot,见 第11章)、VCD 做独立佐证。

8.2 完整输入:(R)-甲基环氧乙烷

示例目录:10-ecd-methyloxirane。甲基环氧乙烷(propylene oxide)只有 10 个原子、没有构象自由度,是 ECD/旋光计算的经典测试分子,其低能激发带有明显的 Rydberg 特征,必须使用弥散函数。

! Chapter 10 example: ECD of (R)-methyloxirane (propylene oxide)
! Step 1: opt+freq   Step 2: TD-DFT with a diffuse basis (low-lying states are Rydberg-like)
! Rotatory strengths are printed automatically by every TD job; use R(velocity)
%chk=mox_opt.chk
%mem=8GB
%nprocshared=8
#p B3LYP/def2TZVP EmpiricalDispersion=GD3BJ Opt Freq

(R)-methyloxirane opt+freq, B3LYP-D3(BJ)/def2-TZVP, gas phase

0 1
 C      -1.213067     0.014264    -0.254999
 C       0.044295    -0.211739     0.505216
 C       1.379921     0.199319    -0.052469
 O       0.932783    -1.165198    -0.086882
 H      -1.642969     0.984900     0.010350
 H      -1.048074    -0.000908    -1.337365
 H      -1.945555    -0.761414    -0.011385
 H      -0.096051    -0.241705     1.576914
 H       1.415290     0.737330    -0.991227
 H       2.173427     0.445152     0.641848

--Link1--
%oldchk=mox_opt.chk
%chk=mox_ecd.chk
%mem=8GB
%nprocshared=8
#p CAM-B3LYP/Aug-cc-pVDZ TD=(NStates=20) Geom=Check Guess=Read

(R)-methyloxirane ECD/UV, 20 singlets, CAM-B3LYP/aug-cc-pVDZ, gas phase

0 1

Important

初始坐标的手性必须正确:本例坐标由 SMILES C[C@@H]1CO1 生成,经 RDKit 的 CIP 判定为 R 构型(手性中心为 2 号 C)。在 GaussView 中可以用“Symmetrize/Mirror”或直接把所有 z 坐标取反得到对映体。几何优化不会改变手性,但输入错一个原子位置就可能得到另一个构型。

8.3 读取旋转强度

每个 TD 作业都会自动打印旋转强度,在 Excited State 汇总之前(示意输出,数值仅供参考):

 <0|del|b> * <b|rxdel|0> (Au), Rotatory Strengths (R) in
 cgs (10**-40 erg-esu-cm/Gauss)
       state          XX          YY          ZZ    R(velocity)    E-M Angle
         1        -2.1034     -0.8712      1.0261     -0.6495      91.27
         2         3.5520      1.1203     -0.4410      1.4104      87.95
 <0|r|b> * <b|rxdel|0>  (Au), Rotatory Strengths (R) in
 cgs (10**-40 erg-esu-cm/Gauss)
       state          XX          YY          ZZ     R(length)
         1        -2.3011     -0.9020      1.1124     -0.6969
grep -A 25 "R(velocity)" mox_ecd.log | head -30
grep -A 25 "R(length)"   mox_ecd.log | head -30

R(velocity) 与 R(length) 差别很大时,说明基组不够完备,应增大基组(例如 aug-cc-pVTZ)再确认结论。R 的单位是 \(10^{-40}\) erg·esu·cm/Gauss(cgs)。

8.4 ECD 展宽、Boltzmann 加权与对映体

常用的高斯展宽公式(Stephens & Harada 2010,E、\(\Delta E_i\)、σ 均以 eV 为单位,\(R_i\) 以 cgs 单位代入):

\[ \Delta\varepsilon(E)=\frac{1}{2.296\times10^{-39}\sqrt{\pi}\,\sigma}\sum_i \Delta E_i\,R_i\,\exp\!\left[-\left(\frac{E-\Delta E_i}{\sigma}\right)^2\right] \]

多构象 Boltzmann 权重(通常用含热校正的 G,必要时用高水平单点修正电子能):

\[ w_k=\frac{\exp(-\Delta G_k/RT)}{\sum_j \exp(-\Delta G_j/RT)},\qquad \Delta\varepsilon_{\rm tot}(E)=\sum_k w_k\,\Delta\varepsilon_k(E) \]

298.15 K 时 \(RT=0.5925\) kcal/mol,1 kcal/mol 的能量差对应约 5.4 倍的权重比,因此构象能量的误差会直接影响谱形。

  • 对映体的 ECD 谱严格镜像:把所有 R 取负即可,无需重算(spectrum_uvvis_ecd.py 支持对映体翻转,见 python ../scripts/spectrum_uvvis_ecd.py -h);
  • SpecDis 可做 Boltzmann 加权、UV 平移和与实验谱的相似度因子计算,是 ECD 归属的常用工具;
  • AaronTools.py 也提供 UV-Vis/ECD 绘图与构象加权;
  • Multiwfn 主功能 11 中选择 ECD 类型,同样可以对多个体系按权重叠加。

Caution

只用一个构象、或者只看一个峰的符号就下结论,是 ECD 定构型最常见的错误。Pescitelli 与 Bruhn 的“good computational practice”(Chirality 2016)建议:完整的构象搜索、溶剂模型、至少两种泛函交叉验证、整条谱与实验比较,并报告平移量和半宽。

9. 激发态性质分析:NTO、DCT 与空穴-电子

示例目录:10-nto-dct-dmabn,体系为经典的推-拉分子 4-(二甲氨基)苯甲腈(DMABN)。

9.1 自然跃迁轨道 NTO

把跃迁密度矩阵 \(\mathbf T\) 做奇异值分解,得到成对的“空穴” NTO 与“粒子” NTO 及本征值 \(\lambda_k\)(\(\sum_k\lambda_k=1\))。通常一对 NTO 的 λ > 0.9,就能用一张“空穴 → 电子”图描述整个激发,比列出十几个 MO 组态直观得多。

Gaussian 的做法(官方 Population 页 的 NTO/SaveNTO 选项):先做 TD 计算,再用 Guess=Only 步骤读取第 N 个态的跃迁密度生成 NTO,并写入单独的 chk 副本(NTO 会替换 chk 中的正则轨道):

--Link1--
%oldchk=dmabn_td.chk
%chk=dmabn_nto_s1.chk
%mem=8GB
%nprocshared=8
#p Geom=AllCheck Guess=(Read,Only) Density=(Check,Transition=1) Pop=(Minimal,NTO,SaveNTO)
  • Density=(Check,Transition=1):使用 chk 中基态到第 1 激发态的跃迁密度;Density=Check 隐含 Guess=Only ChkBasis,不会重新做 SCF;
  • Geom=AllCheck:标题、电荷多重度和结构全部从 chk 读取,所以这一步只有 Link0、route 和一个空行;
  • 每个态各写一个 chk(dmabn_nto_s1.chk、dmabn_nto_s2.chk),然后 formchk 转成 fchk。在 GaussView 或 Multiwfn 中,最高的“占据”NTO 为空穴,最低的“空”NTO 为粒子,λ 存放在原本的轨道能量位置。
formchk dmabn_nto_s2.chk dmabn_nto_s2.fchk
cubegen 0 MO=HOMO dmabn_nto_s2.fchk nto_s2_hole.cub 0 h
cubegen 0 MO=LUMO dmabn_nto_s2.fchk nto_s2_particle.cub 0 h

cubegen 与 Multiwfn 的批量用法见 第16章;仓库脚本 batch_cube_multiwfn.sh 可批量生成 cube(bash ../scripts/batch_cube_multiwfn.sh -h)。

9.2 DCT 电荷转移指标

Pop=DCT(Gaussian 16 新增功能)计算 Le Bahers–Adamo–Ciofini 的 \(D_{\rm CT}\) 指标:比较激发态与基态密度差中电子增加区和减少区的重心距离 \(D_{\rm CT}\)(Å)、转移电荷量 \(q_{\rm CT}\) 以及对应的偶极变化 \(\mu_{\rm CT}\)。按官方说明,它对作业中可用的未弛豫激发态密度计算,如果请求了弛豫密度(Density=Current),也会对弛豫密度计算。示例的第 5 步仿照官方 Density 页的写法,对 S2 计算弛豫密度并给出 DCT:

--Link1--
%oldchk=dmabn_td.chk
%chk=dmabn_dct_s2.chk
%mem=8GB
%nprocshared=8
#p CAM-B3LYP/6-31+G(d) TD=(Read,NStates=6,Root=2) SCRF=(SMD,Solvent=Acetonitrile)
   Geom=AllCheck Guess=Read Density=Current Pop=DCT

\(D_{\rm CT}\) 没有普适的“CT 阈值”,应与分子尺寸(如 D、A 中心距离)对比,或在同一体系的不同态之间比较。\(D_{\rm CT}\) 很大时,必须用范围分离泛函,并考虑态特定溶剂化(第 6.3 节)。

Note

DCT 输出块的具体格式随版本略有不同,第一次使用时建议用 grep -i -A12 "DCT\|charge transfer" dmabn.log 定位后再写解析脚本。

9.3 Multiwfn 空穴-电子分析

Multiwfn 主功能 18(电子激发分析)读取 fchk + TD 输出 log:

  1. TD 作业的 route 加 IOp(9/40=4)(Multiwfn 手册要求,以打印绝对值 ≥ \(10^{-4}\) 的组态系数;大体系可用 3);
  2. formchk dmabn_td.chk dmabn_td.fchk;
  3. Multiwfn dmabn_td.fchk → 主功能 18 → 子功能 1(空穴-电子分析),输入 log 路径和激发态序号;
  4. 读取 D 指数(空穴与电子重心距离,Å)、Sr(重叠程度)、H、t 指数(t > 0 通常表示空穴与电子明显分离);
  5. 子功能 4 给出 Δr 指数,子功能 6 也可生成 NTO。

批量处理可用 BaneWfn 等工具把菜单操作模板化。Δr 与 Sr 的经验判据见 Multiwfn 手册 3.21 节与对应原始文献。

9.4 判断 CT 的组合拳

  • NTO:空穴和粒子是否位于分子的不同片段;
  • 定量指标:\(D_{\rm CT}\)、D 指数、Δr、t 指数;
  • 泛函依赖性:同一个态在 B3LYP 与 CAM-B3LYP 下能量相差 > 0.5 eV,往往说明它有明显 CT 成分;
  • 溶剂依赖性:极性溶剂中明显红移的态通常具有 CT 特征。

ELOTE 也可以分析 Gaussian TD 激发的电子定域特征,辅助判断 CT。

10. 溶剂中的激发态:小结

场景 推荐写法 默认溶剂化 备注
垂直吸收 TD SCRF=(SMD 或 IEFPCM,Solvent=...) 非平衡 LR 最常用
吸收,CT 态 加 CorrectedLR;或 NonEquilibrium=Save 基态 + ExternalIteration,NonEquilibrium=Read 非平衡 见官方 SCRF 页第 3 步
激发态优化 TD Opt SCRF=(...) 平衡 LR 可加 Freq
垂直发射 cLR/EI 激发态(NonEquilibrium=Save)+ 基态 NonEquilibrium=Read 激发态平衡、基态非平衡 第 6.3 节
溶剂化自由能类问题 SMD — 见 第9章

隐式溶剂无法描述特异性相互作用(氢键、π-π 堆积)。若溶质与溶剂有强氢键(如质子性溶剂中的羰基 n→π*),可加入 1–2 个显式溶剂分子再套 PCM,或用 第15章 的 ONIOM/QM-MM 方法。

11. 外部工具与扩展

  • cclib:解析 TD 输出中的激发能、振子强度、旋转强度,适合批量处理;
  • LeoX:基于 Gaussian TD-DFT 的核系综法(nuclear ensemble)吸收/发射谱,以及长程校正参数 ω 的最优调节;
  • PySOC:Gaussian 之外补算 S-T 旋轨耦合;
  • SpecDis:ECD/UV 谱的 Boltzmann 加权与相似度因子;
  • AaronTools.py:UV-Vis/ECD 绘图、构象处理;
  • gaussian-workflow-copilot:中文项目,包含 TD-DFT 的输入模板与结果自查项,可对照本章的检查清单;
  • Multiwfn:空穴-电子分析、谱图绘制、跃迁偶极分解。

参数选择与收敛建议

项目 推荐 原因 / 说明
泛函(价层 ππ、nπ) PBE0、M06-2X、CAM-B3LYP 至少比较两种泛函,看结论是否稳健
泛函(CT、Rydberg、ECD) CAM-B3LYP、ωB97X-D、LC-ωhPBE 长程交换校正
基组(单点) def2-TZVP、6-311+G(d,p) Rydberg/阴离子/ECD 用 aug-cc-pVDZ 及以上
基组(激发态优化) def2-SVP、6-31+G(d) TD 梯度和频率较贵
NStates 覆盖到谱区下限再多 0.5 eV;优化时 ≥ Root+2 防止谱带截断与根翻转
TD 与 TDA 光谱用 TD;三重态、优化困难时用 TDA TDA 避免三重态不稳定性
展宽 高斯,FWHM 0.3–0.5 eV(UV),0.2–0.4 eV(ECD) 必须注明;在能量空间展宽
溶剂 单点非平衡、优化平衡(默认) CT 态用 cLR/EI
组态系数打印 IOp(9/40=3) 或 IOp(9/40=4) Multiwfn 分析需要 4
激发态优化 NoSymm,必要时 Opt=CalcFC 防止被困在对称鞍点
ECD 构象 3–5 kcal/mol 窗口内全部构象,用 G 加权 单构象结论不可靠

常见问题与报错

1. 光谱在某个波长处“戛然而止”或缺少实验中的强峰 原因:NStates 太少,高能激发态没有算到。 解决:检查最后一个 Excited State 的波长;用 TD=(Read,Add=10) 追加态,或增大 NStates 重算。

2. B3LYP 算出一堆 f≈0 的低能态,实验中没有对应吸收 原因:虚假的低能 CT 态(常规杂化泛函低估 CT 能量),常见于 D-A 分子、聚集体、配合物。 解决:换用 CAM-B3LYP、ωB97X-D 重算并比较;用 NTO 或 DCT 确认这些态的 CT 性质。

3. 激发能出现负值或极小值(< 0.1 eV),或 TD 迭代难以收敛 原因:基态波函数不稳定(实际存在更低的解,常见于双自由基、拉伸键、某些金属配合物),TD 的 A−B 矩阵出现负本征值。 解决:先做 Stable=Opt 得到稳定波函数(第13章),或改用 TDA;对三重态尤其推荐 TDA。

4. S1 优化后出现虚频,或收敛到对称结构但能量偏高 原因:对称性约束使优化停留在鞍点上(例如平面分子的 nπ* 态)。 解决:加 NoSymm,沿虚频方向扰动结构(可用 pyQRC)后重新优化,必要时加 Opt=CalcFC。

5. S1 优化过程中振子强度或主要组态突然改变 原因:根翻转,Root=1 跟随了交叉后的另一个态。 解决:见第 6.2 节 WARNING;增加 NStates,比较前后 NTO,必要时改用 Root=2 或从不同初始结构重新优化。

6. 在 Opt 作业中加入 SCRF=ExternalIteration 后作业失败 原因:官方 SCRF 页说明 ExternalIteration 只能用于能量计算。 解决:激发态结构用 LR-PCM 优化,再在优化结构上做 cLR/EI 单点(第 6.3 节)。

7. QPErr --- A syntax error was detected in the input line. 原因:route 拼写错误,例如 TD=(NStaes=10)、括号不配对、泛函名写成 CAMB3LYP。 解决:根据 Gaussian 在 route 下方打印的标记定位错误;常用正确写法为 CAM-B3LYP、wB97XD、M062X、PBE1PBE。

8. 用 G96、P86、PKZB、wPBEh、PBEh 等泛函做 TD 优化或频率时报错退出 原因:官方说明这些泛函缺少 TD 梯度/频率所需的高阶导数。 解决:换用文中表格里的泛函。

9. galloc: could not allocate memory. 或作业被调度系统杀死 原因:%mem 超过节点或作业申请的内存;TD 频率、大 NStates 时内存需求明显增加。 解决:%mem 设为作业申请内存的 75–85%(第17章);反过来,%mem 太小会导致 TD 频率非常慢,官方 C.01 发行说明专门提到增大 %Mem 能显著提速。

10. NTO 步骤出错或得到的轨道看起来是正则 MO 原因:%oldchk 指错了文件(不是 TD 作业的 chk),或 Transition=N 大于 NStates,或把 NTO 直接写回了原 chk 导致后续步骤读到 NTO。 解决:严格按“%oldchk=TD 的 chk、%chk=新副本”书写;每个态各用一个 chk。

11. 开壳层体系激发态的 <S**2> 远离理论值 原因:UKS 参考的自旋污染在激发态中进一步放大,部分态实际是高自旋态的混合。 解决:剔除 <S**2> 严重偏离的态,或改用 ROKS 参考、多参考方法;参见 第13章。

更多报错与排查思路见 第18章 和 Solutions for Gaussian Error Messages。

练习

  1. 用 B3LYP、PBE0、CAM-B3LYP、ωB97X-D 四种泛函计算香豆素前 10 个单重态,比较 S1、S2 的能量与 f,并画出四条 UV-Vis 谱(FWHM 0.4 eV)。
  2. 把 coumarin_td_camb3lyp_smd.gjf 第 2 步改成 TDA=(NStates=20),比较激发能与振子强度的变化。
  3. 用 S1 优化结果计算香豆素在乙醇中的 \(E_{\rm adia}\)、\(E_{00}\) 和 Stokes 位移(cm⁻¹),并比较 LR 与 cLR 的垂直发射能差别。
  4. 把甲基环氧乙烷的所有 z 坐标取反,重算 ECD,验证两条谱互为镜像;再把基组换成 def2-SVP(无弥散),观察 R(velocity) 与 R(length) 的差别。
  5. 对 DMABN 的 S1、S2 分别做 NTO 和 Multiwfn 空穴-电子分析,判断哪个是 LE 态、哪个更具 CT 特征;改用气相重算,观察态顺序是否变化。

参考资料

官方文档:

相关 GitHub 仓库(仅链接):

关键文献:

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  • J.-D. Chai, M. Head-Gordon, Phys. Chem. Chem. Phys. 10, 6615 (2008). DOI: 10.1039/B810189B(ωB97X-D)
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  • X. Gao et al., J. Chem. Theory Comput. 13, 515 (2017). DOI: 10.1021/acs.jctc.6b00915(PySOC)

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