示例 12-esp-resp-paracetamol：小分子配体的 MK 静电势与 RESP 电荷¶
配套教程：第12章 布居分析、NBO 与静电势/RESP 电荷（第 7 节）。
目的¶
按 AMBER/GAFF 的经典协议，为对乙酰氨基酚（paracetamol，C8H9NO2）生成 RESP 电荷：
- HF/6-31G(d) 几何优化；
- HF/6-31G(d) 单点，
Pop=MK加IOp(6/33=2,6/41=10,6/42=17,6/50=1)输出 ESP 格点并写出 Antechamber 的.gesp文件； - 用 AmberTools
antechamber -c resp做两步 RESP 拟合（或改用 Multiwfn 的 RESP 模块）。
文件说明¶
| 文件 | 内容 |
|---|---|
ligand_mk_esp_for_resp.gjf |
两步 Link1：HF/6-31G(d) Opt → HF/6-31G(d) MK ESP（写出 paracetamol.gesp） |
run_antechamber_resp.sh |
调用 antechamber 拟合 RESP，并列出各原子电荷及总和 |
run.slurm |
Gaussian 部分的 Slurm 作业脚本 |
运行步骤¶
# 1) Gaussian
sbatch run.slurm
# 或
g16 < ligand_mk_esp_for_resp.gjf > ligand_mk_esp_for_resp.log
# 2) RESP 拟合（需要 AmberTools）
bash run_antechamber_resp.sh paracetamol.gesp 0 LIG
# 如果没有生成 .gesp，也可以直接读 log（需要 IOp(6/33=2) 打印的格点）
bash run_antechamber_resp.sh ligand_mk_esp_for_resp.log 0 LIG
paracetamol.gesp 通常写在作业的工作目录中；如果找不到，请在 scratch 目录（$GAUSS_SCRDIR）中查找。
Multiwfn 替代方案：
预期结果 / 如何检查¶
grep -c "Normal termination" ligand_mk_esp_for_resp.log # 应为 2
grep "Charges from ESP fit" ligand_mk_esp_for_resp.log # 拟合 RMS
grep -A22 "ESP charges:" ligand_mk_esp_for_resp.log | head -24 # Gaussian 自带的 MK 电荷（未加约束）
run_antechamber_resp.sh最后打印的电荷总和应等于净电荷 0（四舍五入误差在 10⁻⁴ 量级）；- 与 MK 电荷相比，RESP 会把埋藏的碳原子（如苯环碳、甲基碳）电荷拉向更小的绝对值，而甲基上的三个 H 被约束为相同电荷；
- 羰基 O、酚羟基 O 和酰胺 N 应带明显的负电荷，羟基 H 和酰胺 H 带正电荷。
注意事项¶
- HF/6-31G(d) 是 AMBER/GAFF 的配套协议，不要为“提高精度”而改用 DFT 大基组；为其他力场拟合电荷时请遵循该力场自己的协议。
- 电荷依赖构象：酰胺基团与羟基的取向会影响结果，柔性配体建议多构象联合拟合（Multiwfn RESP 模块的选项 −1）。
antechamber -nc必须与 Gaussian 输入中的总电荷一致。IOp(6/33=2)是 AMBER 社区长期使用的写法，当前官方 IOp 列表中没有列出；IOp(6/50=1)生成 .gesp 文件则是官方 Population 页说明的方法。